柱温的选择十分关键，它将直接影响分离效能和分析速度。提高柱温，有利于降低组分在气液相中的传质阻力，有利于提高柱效， 同时纵向分子扩散项系数增大，提高分析速度，但柱选择性变差，分离度降低。

  柱温适宜有利于组分的分离，但温度过低，被测组分可能在柱中冷凝，或者传阻力增加，使色谱峰扩张，甚至于拖尾，温度高有利于传质，但柱温高，分配系数变小，不利于分离。 对于沸程不太宽的简单样品，可采用恒温模式。

  对于沸程相对较宽的复杂样品，如在一恒定的温度下分离，随着保留时间的增加，峰宽迅速增加，导致保留较弱的组分重叠，而保留较强的组分又因为分析时间长，张起峰展宽，峰高下降。 由于在气相色谱中，改变温度对组分的分离改变zui为明显。可通过程序升温来解决，即保留的组分在较低的温度下洗脱，而强保留的组分在较高的温度下洗脱，这样可使复杂的混合物在适当的时间内实现分离 在程序升温中，初温、升温速率、终温zui为关键。初温的选择以洗脱组分的分离度而定，毛细管的初温比填充柱要低，一般略低于zui低沸点组分的温度。升温速率的选择应综合考虑分离度和分析速度。终温的选择主要取决于色谱柱类型、样品的热稳定性及样品中组分的zui高沸点。如采用恒温时炉温至少应比柱zui高使用温度低70-80℃;如采用程序升温，炉温可比柱zui高温度低20-30℃即可。